Wiersz ten odwołuje się do polskiej tradycji, na co wskazuje zaznaczony już w tytule związek Modlitwy… z Bogurodzicą, arcydziełem polskiej liryki średniowiecznej. Wpisując się w nurt poezji maryjnej, utwór nawiązuje do współczesnych poecie realiów drugiej wojny światowej.
Utwór prezentuje gatunek zwany modlitwą, stąd też wypełniają go przede wszystkim prośby podmiotu modlącego się. Przemawia on w imieniu zbiorowości. Tworzą ją pokolenie Kolumbów, ludzie urodzeni w latach 20. ubiegłego wieku, dorastający w okupacyjnej codzienności, biorący aktywny udział w konspiracji.
Poeta, pisząc swą Modlitwę… zapewne dla tych, którzy równie dobrze jak on znali ówczesne uwarunkowania polityczne, nie przedstawia szczegółowo współczesnej sobie rzeczywistości. Odpowiednie tło tworzą jednak obecne w utworze sformułowania jak nocne drogi wnuków, toczący się grom, czarny las.
Wszystkie spośród pięciu zwrotek rozpoczynają się od anaforycznych powtórzeń zaimka któraś lub która w odniesieniu do Maryi. Zabieg ten archaizuje składnię i służy zwróceniu uwagi na Matkę Boską jako główną przyczynę przedstawionych wydarzeń. Każde dwa pierwsze wersy poszczególnych strof wypełniają pochwały Marii, a dwa następne służą wyrażeniu próśb.
W pierwszej zwrotce Matka Boska zostaje zaprezentowana jako opiekunka ducha ziemi Polski:
Któraś wiodła jak bór pomruków
ducha ziemi tej skutego w zbroi szereg,
prowadź nocne drogi jego wnuków,
byśmy milcząc umieli umierać.
Skuci w zbroi szereg poddani, czyli polskie rycerstwo przypominało do czasu przyjęcia chrześcijaństwa bór pomruków – przerażone istoty zmierzające w nieznane. Następująca po tych słowach prośba zostaje wypowiedziana przez ich przodków, którzy również chcą zostać przeprowadzeni po nocnych drogach. Muszą oni podjąć wyzwanie, do jakiego zobowiązuje ich wierność wobec tradycji i moralny nakaz. Ich sytuacja jest jednak inna niż pradziadów, dlatego proszą Maryję, by nauczyła ich milczącego umierania – zrozumienia konieczności złożenia ofiary z własnego życia w imię idei wyzwolenia narodów.
W kolejnej strofie Matka Boska zostaje ukazana jako muzyki deszcz – zawsze gotowa do wstawienia się za wiernymi i nie pozostawiająca ich na długo w niepewności oczekiwania:
Któraś była muzyki deszczem,
a przejrzysta jak świt i płomień,
daj nam usta jak obłoki niebieskie,
które czyste – pod toczącym się gromem.
Poeta przypomina tu także o zwyczaju odśpiewywania Bogurodzicy przez polskich rycerzy. Do Maryi przejrzystej jak świt i płomień, wzoru czystego serca zaniesiona zostaje prośba podmiotu modlącego się o zdolność do zachowania ideałów humanistycznych w czasach walki przynoszącej śmierć wroga, zawsze wyzwalającej w człowieku najniższe instynkty.
Następna zwrotka jest rozwinięciem tej myśli: podmiot liryczny raz jeszcze formułuje prośbę o pas i ostrogi, rozumiane jako duchowe uposażenie żołnierzy, służące utrzymaniu na wodzy ich moralności. Te może pozyskać dla nich właśnie Maryja – reprezentantka ludzi, która zawierzając Bogu swoje życie na Ziemi, stała się osobą świętą pośród śmiertelników:
Która ziemi się uczyłaś przy Bogu,
w której ziemia jak niebo się stała,
daj nam z ognia twego pas i ostrogi,
ale włóż je na człowiecze ciała.
Kolejna strofa przynosi odwołanie do bolesnych doświadczeń Matki Chrystusa. Osoba mówiąca odnajduje zbieżność pomiędzy sytuacją Marii, rozdartej między wielką miłością do syna a powierzoną Mu misją zbawienia ludzkości, i polskimi matkami:
Któraś serce jak morze rozdarła
w synu ziemi i synu nieba,
o, naucz matki nasze,
jak cierpieć trzeba.
Podmiot liryczny apeluje o udzielenie łask matkom, które nie potrafią pogodzić rodzicielskiej miłości ze zgodą na ofiarę z życia własnych dzieci dla ocalenia innych.
Utwór kończy odwołanie do Marii, będącej nadzieją dla polskich żołnierzy i ich prośbą o to, by potrafili w pełni poświęcić się dla ojczyzny, zwyciężając zło dobrem:
Która jesteś jak nad czarnym lasem
blask – pogody słonecznej kościół,
nagnij pochmurną broń naszą,
gdy zaczniemy walczyć miłością.
To właśnie Matka Boska objawiła ludzkości ten rodzaj cnoty jako pierwsza, kiedy wybaczyła zabójcom męczarnie i śmierć swojego syna, stając się w ten sposób Matką wszystkich ludzi.
Podmiot liryczny zwraca się wyłącznie do Marii, co w innym kontekście można by uznać za przejaw charakteru polskiej religijności. U Baczyńskiego wynika to z konsekwencji sytuacji, w której powstał utwór: jego nadawcą są polscy żołnierze, którzy musieli na zawsze opuścić swoje matki w imię wyższych wartości, skazując się tym samym na śmierć.
Kreacja tytułowej postaci Modlitwy do Bogarodzicy łączy elementy ze znanych wzorców, lecz z tego powodu znacznie od nich odbiega. Skupia cechy zarówno Matki Bolesnej z Lamentu świętokrzyskiego, jak i pełnej dostojeństwa i majestatu Marii z Bogurodzicy. Matka Boska w Modlitwie do Bogarodzicy jest istotą ludzką, głęboko odczuwającą cierpienie, bliską każdemu człowiekowi, ale z drugiej strony prezentuje się także jako wzór męstwa i hartu ducha, którym dowód dała poddając się woli Bożej. To jednak nie umniejsza Jej bólu.