- Opis Akademii pana Kleksa przez Adasia Niezgódkę, który zapisywał codzienne wydarzenia w pamiętniku.
- Adaś udaje się do bajki o dziewczynce z zapałkami, żeby zdobyć zapałki dla Pana Kleksa i poznaje pana Andersena.
- Podróż Adasia do bajki o śpiącej królewnie i siedmiu braciach, gdzie chłopiec zostaje zaproszony na podwieczorek, podczas którego podano słodkości i łakocie.
- Adaś zaprzyjaźnia się z Mateuszem i szybko staje się jego ulubionym uczniem.
- Mateusz opowiada Adasiowi swoją historię – wcześniej był synem króla, który pod wpływem czapki bogdychanów zmienił się w szpaka i nie może wrócić do swojej wcześniejszej postaci, ponieważ zgubił guzik od czapki.
- Adaś postanawia pomóc Mateuszowi odnaleźć guzik od czapki.
- Pan Kleks wysyła swoje oko na ulicę, by zobaczyło, co się dzieje. Oko dostrzega zepsuty tramwaj, który pan Kleks i jego uczniowie naprawiają.
- Pan Kleks wysyła swoje oko na Księżyc.
- Opis nauki w Akademii pana Kleksa – chłopcy uczęszczają na zajęcia z kleksografii, geografii, leczenia chorych sprzętów i przędzenia liter.
- Pan Kleks, który nigdy nikogo nie wpuszczał do kuchni, gotuje obiad z kolorowych szkiełek i jadalnych farb o różnych smakach.
- Chłopcy szukają skarbu – Adaś i Artur znajdują złoty gwizdek i kluczyk, które Królewna Żabka pozwala im wziąć na własność.
- Adaś trafia do Psiego Raju, gdzie spotyka swojego ulubionego psa Reksa i odwiedza ulicę Dręczycieli.
- Wycieczka chłopców do fabryki dziur i dziurek – najciekawszej fabryce na świecie.
- Walka z muchami – wymyślenie nowej muchołapki przez pana Kleksa.
- Pan Kleks kłóci się z golarzem Filipem, przez co staje się smutny i przygnębiony.
- W Akademii zachodzą pierwsze zmiany, chłopcy spodziewają się dwójki nowych uczniów.
- Pan Kleks osusza staw i pomaga zwierzętom, które poszukują nowego miejsca do życia.
- Oko pana Kleksa wraca z Księżyca.
- Opowieść o śnie Adasia, który łapał żywioły w siedem szklanek.
- Golarz Filip i jego dwaj synowie przybywają do Akademii w środku nocy. Przyjmuje ich Adaś.
- Do Akademii wprowadza się dwójka nowych uczniów – Anatol i Alojzy, synowie Filipa.
- Alojzy okazuje się być ożywioną lalką, która szybko się uczy i zaczyna dezorganizować życie w Akademii.
- Wielkie przyjęcie w Akademii, na które zjeżdżają się królowie i uczeni.
- Pan Kleks opowiada, że jego oko widziało na Księżycu księżycowych ludzi – Lunnarów.
- Alojzy niszczy uroczystość, tłucze okna i talerze, przez co goście uciekają z przyjęcia.
- Chłopcy dostrzegają zmiany w zachowaniu profesora, który nie może poradzić sobie z krnąbrnym uczniem.
- W Wigilię pan Kleks oznajmia chłopcom, że to koniec ich przygody w Akademii.
- Alojzy znajduje i niszczy porcelanowe tabliczki, na których była zapisana cała mądrość przekazana panu Kleksowi.
- Wściekły pan Kleks demontuje Alojzego.
- Filip postanawia się zemścić za zniszczenie lalki, kradnie płomyki z choinki i zostawia Akademię w ciemnościach.
- Akademia zmniejsza się do malutkich rozmiarów, chłopcy wychodzą z budynku.
- Adaś budzi się w małym pokoju, a obok niego stoi klatka z Mateuszem i mały pan Kleks.
- Pan Kleks żegna się z Adasiem i zamienia się w guzik, którego brakowało Mateuszowi w czapce bogdychanów.
- Mateusz przybiera swą ludzką postać, zmieniając się w autora bajki o Akademii pana Kleksa.