Opis Akademii pana Kleksa przez Adasia Niezgódkę, który zapisywał codzienne wydarzenia w pamiętniku.
Adaś udaje się do bajki o dziewczynce z zapałkami, żeby zdobyć zapałki dla Pana Kleksa i poznaje pana Andersena.
Podróż Adasia do bajki o śpiącej królewnie i siedmiu braciach, gdzie chłopiec zostaje zaproszony na podwieczorek, podczas którego podano słodkości i łakocie.
Adaś zaprzyjaźnia się z Mateuszem i szybko staje się jego ulubionym uczniem.
Mateusz opowiada Adasiowi swoją historię – wcześniej był synem króla, który pod wpływem czapki bogdychanów zmienił się w szpaka i nie może wrócić do swojej wcześniejszej postaci, ponieważ zgubił guzik od czapki.
Adaś postanawia pomóc Mateuszowi odnaleźć guzik od czapki.
Pan Kleks wysyła swoje oko na ulicę, by zobaczyło, co się dzieje. Oko dostrzega zepsuty tramwaj, który pan Kleks i jego uczniowie naprawiają.
Pan Kleks wysyła swoje oko na Księżyc.
Opis nauki w Akademii pana Kleksa – chłopcy uczęszczają na zajęcia z kleksografii, geografii, leczenia chorych sprzętów i przędzenia liter.
Pan Kleks, który nigdy nikogo nie wpuszczał do kuchni, gotuje obiad z kolorowych szkiełek i jadalnych farb o różnych smakach.
Chłopcy szukają skarbu – Adaś i Artur znajdują złoty gwizdek i kluczyk, które Królewna Żabka pozwala im wziąć na własność.
Adaś trafia do Psiego Raju, gdzie spotyka swojego ulubionego psa Reksa i odwiedza ulicę Dręczycieli.
Wycieczka chłopców do fabryki dziur i dziurek – najciekawszej fabryce na świecie.
Walka z muchami – wymyślenie nowej muchołapki przez pana Kleksa.
Pan Kleks kłóci się z golarzem Filipem, przez co staje się smutny i przygnębiony.
W Akademii zachodzą pierwsze zmiany, chłopcy spodziewają się dwójki nowych uczniów.
Pan Kleks osusza staw i pomaga zwierzętom, które poszukują nowego miejsca do życia.
Oko pana Kleksa wraca z Księżyca.
Opowieść o śnie Adasia, który łapał żywioły w siedem szklanek.
Golarz Filip i jego dwaj synowie przybywają do Akademii w środku nocy. Przyjmuje ich Adaś.
Do Akademii wprowadza się dwójka nowych uczniów – Anatol i Alojzy, synowie Filipa.
Alojzy okazuje się być ożywioną lalką, która szybko się uczy i zaczyna dezorganizować życie w Akademii.
Wielkie przyjęcie w Akademii, na które zjeżdżają się królowie i uczeni.
Pan Kleks opowiada, że jego oko widziało na Księżycu księżycowych ludzi – Lunnarów.
Alojzy niszczy uroczystość, tłucze okna i talerze, przez co goście uciekają z przyjęcia.
Chłopcy dostrzegają zmiany w zachowaniu profesora, który nie może poradzić sobie z krnąbrnym uczniem.
W Wigilię pan Kleks oznajmia chłopcom, że to koniec ich przygody w Akademii.
Alojzy znajduje i niszczy porcelanowe tabliczki, na których była zapisana cała mądrość przekazana panu Kleksowi.
Wściekły pan Kleks demontuje Alojzego.
Filip postanawia się zemścić za zniszczenie lalki, kradnie płomyki z choinki i zostawia Akademię w ciemnościach.
Akademia zmniejsza się do malutkich rozmiarów, chłopcy wychodzą z budynku.
Adaś budzi się w małym pokoju, a obok niego stoi klatka z Mateuszem i mały pan Kleks.
Pan Kleks żegna się z Adasiem i zamienia się w guzik, którego brakowało Mateuszowi w czapce bogdychanów.
Mateusz przybiera swą ludzką postać, zmieniając się w autora bajki o Akademii pana Kleksa.
