Motyw wszechświata
W opowiadaniu Dukaja pojawia się także motyw kosmosu. Jest to przestrzeń tajemnicza, niezbadana i przekraczająca ludzkie pojęcie. Mimo eksploracji wszechświata człowiek nadal nie wie, co jeszcze może się w nim kryć, czego przykładem jest właśnie tytułowa katedra pełna sekretów. W tym świecie kosmos pokazuje człowiekowi jak mały i nieważny jest w obliczu otaczającego go świata. To, co się w nim kryje, z pewnością przerasta jego wiedzę i możliwości poznawcze.
Motyw nauki
Obok motywu religii pojawia się także nauka, stojąca do niej w opozycji. Ksiądz Lavone ma jej użyć do określenia tego, czy dziejące się w katedrze cuda są prawdziwe. Nauka daje człowiekowi wiele perspektyw i możliwości, ale z drugiej strony nieustannie przypomina mu, jak niewiele wie i niewiele może w obliczu tajemnic wszechświata. Nauka nie jest też w stanie udzielić ludziom odpowiedzi na wszystkie pojawiające się w ich życiu pytania. Tam, gdzie nauka nie daje rady, pojawia się religia. Na przykład nauka nie jest w stanie wyjaśnić, czym właściwie jest katedra i na jakiej zasadzie istnieje. Człowiek może modyfikować dzięki niej otaczający go świat, ale nadal nie jest w stanie wszystkiego pojąć.
Motyw śmierci
Tym, co dotyka wszystkich bohaterów, jest motyw śmierci. Izmir poświęca się dla innych, doświadczają jej osoby odwiedzające katedrę, aż wreszcie sam ksiądz Lavone zostanie przez nią pochłonięty i najprawdopodobniej umiera. Śmierć jest wszechobecna i dotyka każdego. Nauka nie chroni przed nią, a za to religia próbuje ją wyjaśnić. Śmierć zawsze przeraża, ale nie da się jej uniknąć, nawet przy obecnym w świecie przedstawionym rozwoju technologicznym ludzkości. Może mieć różne postaci, ale jej efekt jest zawsze taki sam.